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RNA-seq解析ソフトウエア
「Amelieff Quick Start Package」には、RNA解析に必要なソフトウェア環境がセットアップされています。
FASTQまたは発現マトリクスから、クオリティチェック、発現定量、発現変動遺伝子の検出、二群間の発現比較結果の可視化、機能解析まで実行できます。
複数の論文に基づき作成し複数のデータで検証した解析手順をご使用いただけます。
機能一覧
| 機能 | 詳細 | |
| １ | QC | ・低クオリティリードのトリミング ・リファレンスゲノムへのマッピング |
| ２ | 発現定量 | ・発現定量 ・主成分分析、階層的クラスタリング |
| ３ | 二群間比較解析 | ・二群間比較解析 ・発現変動遺伝子の検出 ・二群間の発現比較結果の可視化 |
| ４ | 機能解析 | ・パスウェイエンリッチメント解析 ・Gene Ontology解析 |
主成分分析
ヒートマップ作成
二群間比較解析
エンリッチメント解析
エンリッチメント解析
その他
| 必要PCスペック | CPU : 4 core メモリ : 64 GB HDD : 2TB |
| 導入ツール | FastQC, PRINSEQ, Trimmomatic, STAR, featureCounts, edgeR, EnhancedVolcano, ReactomePA, jupyter lab, Docker |
| 入力データ | FASTQ、発現マトリクス(指定形式) |
| 対応生物種 | ヒト、マウス、ラット |